San Juan del Puerto, Florida, Historisk sted for en spansk misjon i Jacksonville, USA.

San Juan del Puerto var en spansk fransiskanermisjon på Fort George Island nær munningen av St. Johns River, i dagens Jacksonville. Den ble grunnlagt før 1587 for å betjene saturiwa, et timucuafolk, og ble organisert ved å dele dem inn i ni mindre landsbyer. Den ble en av de tre hovedmisjonene i Mocama-provinsen, sammen med San Pedro de Mocama på Cumberland Island og Santa Maria de Sena på Amelia Island.

Bosetningen ble grunnlagt rundt 1587 som en spansk utpost for kolonisering og for å omvende Timucua-folket til kristendommen. Den ble forlatt i 1702 da samfunnet spredte seg.

Navnet San Juan del Puerto ble gitt av spanjolene, og Saturiwa ble delt inn i ni mindre landsbyer rundt misjonen. Etter 1650 ble Guale-flyktninger fra kysten av Georgia bosatt her ved siden av Mocama. Pater Francisco Pareja lærte noen av Mocama det skriftsystemet han hadde utviklet for timucua.

Misjonsstedet ligger på Fort George Island nær munningen av St. Johns River, i dagens Jacksonville; øya nås med bil fra fastlandet. Kildene nevner verken merkede stier, utgravninger eller besøksfasiliteter, så regn med øyas terreng og ikke med en tilrettelagt arkeologisk park.

I 1612 trykket Francisco Pareja, som arbeidet ved denne misjonen, en katekisme på spansk og timucua. Den regnes som den første boken trykt på et urfolksspråk i Amerika. Misjonen var en av tre hovedmisjoner i Mocama-provinsen, sammen med San Pedro de Mocama på Cumberland Island og Santa Maria de Sena på Amelia Island.