San Rafael Lagoon, Kystsjø i nasjonalparken Laguna San Rafael, regionen Aysén, Chile.

San Rafael-lagunen er en bueformet kystsjø på 123 km² i regionen Aysén, dannet av tilbakegangen til San Rafael-breen ved nordenden av den nordpatagonske innlandsisen. I nord er den forbundet med Moraleda-kanalen via Río Témpanos; i sør og vest ligger Ofqui-eidet og Taitao-halvøya. Isfjell som kalver fra breen flyter på overflaten.

I desember 1675 nådde Antonio de Veas ekspedisjon San Rafael-lagunen via Témpanos-elva og noterte kraftig vind, San Rafael-breen og de sumpige breddene ved Ofqui-eidet. Ekspedisjonen nevnte ingen isflak og oppga at breen ikke nådde langt inn i innsjøen, noe som tolkes som at virkningene av den lille istiden ennå ikke var synlige der. I 1857 utforsket Francisco Hudson og Francisco Fonck innsjøen på jakt etter en passasje sørover som slapp å runde halvøya Tres Montes.

Navnet på lagunen kommer fra en misjonsstasjon som ble opprettet like før 1769, da losen Machados ekspedisjon utforsket disse farvannene. Mot slutten av 1766 besøkte jesuittmisjonæren José García Alsué lagunen for å finne kanofarende urfolk som han ville omvende og føre til misjonen Cailín i Chiloé. Francisco Astaburuaga skrev i 1899 at navnet kom fra den misjonsstasjonen.

For å nå innsjøen må man først fly til Puerto Montt, deretter reise med båt eller kjøretøy gjennom den avsidesliggende regionen. Været her endrer seg raskt, så besøkende bør pakke lag med klær og vanntett utstyr for alle sesonger.

Lagunen har en fast bestand av sjøleoparder, uvanlig for Chile der observasjoner andre steder er sporadiske. Studier viser at dyrene vender tilbake til samme sted og bruker isfjell fra San Rafael-breen som plattformer for hvile, hårfelling og jakt.