Chiesa di Santa Margherita in Trastevere, Romersk-katolsk sognekirke i Trastevere, Roma, Italia.

Chiesa di Santa Margherita in Trastevere ligger ved piazza di Sant'Apollonia i Romas bydel Trastevere. Fasaden har to ordener og krones av et kors med palmegrener; på fronten står den doble dedikasjonen til sankta Margareta, jomfru og martyr, og sankt Emygdius, biskop og martyr. Inne åpner et enkelt skip med tønnehvelv og halvrund apsis mot tre sidekapeller.

Kirken ble bestilt i 1680 av kardinal Girolamo Gastaldi og gjenoppbygd av arkitekten Carlo Fontana, noe som endret den opprinnelige orienteringen som gikk tilbake til 1288. Denne transformasjonen gjenspeilet fornyelsesbevegelsene i barokkperioden som omformet mange bygninger i Roma.

Hovedalterets altertavle er Giacinto Brandis «Sankta Margareta beseirer demonen», malt 1680–1683 for den gjenoppbygde kirken; de ovale sidebildene er av Giuseppe Ghezzi. I venstre kapell henger Baciccios «Den ubesmittede unnfangelse mellom sankt Frans og sankta Klara». Fasaden bærer en dobbel dedikasjon, til sankta Margareta og til sankt Emygdius, biskop og martyr.

Kirken ligger ved piazza di Sant'Apollonia 13 i Trastevere, noen skritt fra viale di Trastevere. Det tilstøtende klosteret er gjort om til boliger, så kirkeinngangen er den eneste adkomsten. Fram til 1996 holdt Confraternita di Sant'Emidio til her; siden 2. februar 1997 har en prest fra Romas vikariat ansvar for kirken.

Kirken bar også navnene Santa Margherita della Scala og Santa Elisabetta; nonnene levde der som bizzoche uten klausurvot, slik aktene fra en visitas i Roma under Alexander VII bekrefter. Fasaden har en dobbel dedikasjon, til sankta Margareta og til sankt Emygdius, biskop og martyr.